История клуба начинается с создания детско-юношеского баскетбольного клуба «Руна-Баскет», основанного в 2004 году. Уже в 2013 году на основе ДЮБК появился баскетбольный клуб «Руна-Баскет», мужская команда Первой лиги Первенства России. В 2016 году клуб начал своё выступление в соревнованиях под эгидой Российской Федерации Баскетбола - второго дивизиона Суперлиги. В 2017 году «Руна» получила статус Профессионального баскетбольного клуба. В 2019 году «Руна» завоевала бронзовые медали детско-юношеской баскетбольной лиги. Основная команда в сезоне 2019/20 начала выступление в Суперлиге-1. 
Перед стартом сезона 2020/2021 создаётся молодёжная команда «Руны», которая начинает выступления в Единой Молодёжной Лиге ВТБ, а основная команда в этот же сезон добирается до топ-4 первой Суперлиги.

Летом 2021 года основывается «Руна 3x3» - команда по баскетболу 3x3, принимающая участие во всероссийских и международных соревнованиях. Также под эгидой клуба появляется женская команда ДЮБЛ.

В структуре детско-юношеского баскетбольного клуба занимаются мальчики и девочки 2004-2013 года рождения.

Успехи воспитанников и тренеров:

Юлия Савукова (2006 г.р) - игрок сборной России U16, второе место в группе на Первенстве Европы 2021

Макар Воронин (2005 г.р) - игрок сборной России U16, третье место в группе на Первенстве Европы 2021

Дмитрий Пивцайкин - тренер команды Руна -ДЮБЛ (жен) и тренер юношеской сборной России 2006 г.р